尼泊尔境内河流多湍急，部分发源于中国西藏，向南注入印度恒河的各大支流。主要有三大水系，由东向西依次为戈西河、甘达基河（那拉雅尼河）及加格拉河（格尔纳利河）；另外在东南端有一小块地区属于默哈嫩达河水系。
戈西河在尼泊尔境内又称为“沙普塔戈西河”（Sapta Koshi，意指七条戈西河），导因于它在尼泊尔东部的喜马拉雅山区有七条主要支流：印得拉瓦地河（英语：Indravati River, Nepal）、逊科西河（英语：Sun Kosi）、塔马科西河、里库河、都得科西河、阿龙河及塔穆尔河（英语：Tamur River）。阿龙河发源于西藏境内，离尼泊尔北部边界约150千米（100英里）。逊科西河的一条支流波特科西河也发源于西藏境内，延著连结加德满都与拉萨的阿尼哥公路（英语：Araniko Highway）南流。
甘达基河在尼泊尔境内称为“那拉雅尼河”，也称为“沙普塔甘达基河”（Sapta Gandaki，意指七条甘达基河），因为它在尼泊尔中部的喜马拉雅山区也有七条主要支流：卡里甘达基河、特里苏里河，以及特里苏里河的五条支流，包括塞蒂河（英语：Seti Gandaki River）、马蒂河、马沙阳蒂河、达劳蒂河及布利河。
加格拉河干流上游在尼泊尔境内称为“格尔纳利河”（又译卡拿里河），加格拉河的另一支流夏达河为尼泊尔与印度的西侧边界。